Geboren und aufgewachsen in der Lüneburger Heide, kam Jannike Bartkowiak 2009/10 durch ein Freiwilliges Soziales Jahr in der Kultur an das Dreisparten-Theater in Aachen. Durch die Begegnungen und Aufgaben in der Presse- und Öffentlichkeitsarbeit sowie Regieassistenz und Soufflage blieb sie der Theaterbegeisterung während ihres Anglistik- und Geschichtsstudiums an der Universität zu Bonn treu. Neben des Studiums arbeitete sie in der Sportredaktion der Deutschen Welle und den KBBs am Schauspiel Bonn und dem Theater Aachen. In der Spielzeit 2013/14 übernahm sie interimistisch die organisatorische Leitung der Bühne JuTa am Forum Freies Theater (FFT, Ltg Kathrin Tiedemann) in Düsseldorf und wechselte in der Spielzeit 2014/15 ins KBB an das Schauspielhaus Zürich. Mit nun breiter Erfahrung in der Durchführung von Gastspielen, Festivals, Sonderveranstaltungen und dem Erstellen und Pflegen von Zeitplänen ging es zurück an das Theater Aachen, an dem sie bis zum Sommer 2017 unter Renate Helle das KBB besetzte und die Schauspiel- sowohl als auch die Opernsparte organisierte.
Im Februar 2019 kam sie als Mitarbeiterin des KBBs an das Schauspielhaus Zürich unter Barbara Frey und übernahm die Disposition mit der Intendanz Benjamin von Blomberg und Nicolas Stemann. Seit der Spielzeit 2023/24 ist Jannike Bartkowiak designierte Betriebsdirektorin der Interimsintendanz von Uli Khuon.